Nuovo servizio di sequenziamento automatico del DNA e di caratterizzazione genica (lettura di frammenti) al sequenziatore automatico

La strumentazione
Nell’ottica di essere sempre al passo con i tempi, l’Istituto Nazionale di Apicoltura ha implementato i suoi laboratori con strumenti utilizzati nella biologia molecolare.
Lo strumento principale di analisi è un moderno sequenziatore automatico (CEQ8000 Beckman Coulter), attraverso il quale è possibile analizzare sequenze di DNA e frammenti di DNA (microsatelliti, SNPs, AFLPs).

Modalità di spedizione

Sequenze
Sola lettura
Dopo la reazione di sequenziamento, precipitare la reazione in etanolo oppure purificare con gli appositi kit suggeriti dalla casa produttrice (Beckman Coulter). Compilare il modulo di spedizione sequenze – sola lettura e spedire insieme alle provette, sigillate con del parafilm ed avvolti in carta stagnola (il pellet è fotosensibile!!). Qualora i campioni venissero spediti già risospesi in SLS, imballare le provette in ghiaccio umido ed assicurarsi che la spedizione avvenga nel minore tempo possibile (massimo 48 ore).

Reazione di sequenziamento e lettura
Purificare il prodotto di PCR mediante reazione enzimatica (Exo-SAP) oppure con uno degli appositi kit disponibili in commercio; quantificare la concentrazione del prodotto di PCR mediante elettroforesi su gel di agarosio e/o spettrofotometro. Spedire una quantità sufficiente per almeno due reazioni (2X). La quantità di templato da inviare dipende dal tipo di DNA (plasmide dsDNA, ssDNA M13, prodotti PCR...): come regola generale per dsDNA e prodotti di PCR purificati leggete in tabella la colonna “ng per 100 fmol”, per ssDNA la colonna “ng per 50 fmol”. Spedire i primers in concentrazione 1.6µM in quantità adeguata (per ogni reazione ne occorrono 2.0µl). Compilare il modulo di spedizione sequenze – reazione + lettura quindi spedire il modulo assieme alle provette, sigillate con del parafilm, in ghiaccio umido, entro pochi giorni.

Frammenti (sola lettura)
Spedire almeno 10 µl di prodotto di PCR (microsatelliti, SNPs, AFLP) marcato con il dye-primer. Se si intende far correre più di 4 frammenti contemporaneamente, è necessario purificare i prodotto di PCR con uno degli appositi kit disponibili in commercio o con una precipitazione etanolo/sodio acetato. Compilare il modulo di spedizione frammenti e spedire insieme alle provette, sigillate con del parafilm ed avvolte nella stagnola, in ghiaccio umido, entro pochi giorni.
Nel caso si intenda commissionare anche la reazione di amplificazione, prendere contatto con l’operatore prima dell’invio dei campioni (dr Raffaele Dall’Olio).

Prezzi delle analisi

NOTA: per dubbi e chiarimenti, progetti ed esigenze particolari, non esitate a contattare l’operatore (dr Raffaele Dall’Olio)